1、病菌感染垫料时，必须进行彻底和充分的消毒
我们经常会遇到这样的情况，养殖户的动物因各种原因生病和拉稀腹泻，造成发酵床垫料也严重污染有害病菌，常规的处理方法是消毒，很多人担心消毒会杀死垫料中的发酵床菌各路，所以不敢消毒，但如果不消毒，则无法隔离病菌，得病的动物肯定也无法根治；所以消毒是必须的，同时，我想说的是，出现这种情况，您可以任性地消毒，并且消毒越彻底越好，对发酵床将来的发酵反而更有利；
关于发酵床的消毒，养殖户不要有过多的担心，尽情的消毒，该消毒时就消毒，且可以边翻料边消毒，且遇到有有害菌影响时，消毒越彻底越好，可以任性地消毒，过1-2天后，再补充强微发酵床复合菌+葡萄糖即可，如果垫料已经很湿的，则还要补充新鲜干垫料，如果氨味重，则还要补充柠檬酸液等，如此而已；
因为您要知道这个一个道理，微生物菌种是我们人工添加的（换句话说可以人工控制垫料中的菌群），并且微生物可以以裂变的方式生长繁殖的，即一变二，二变四，四变八等，可以在短短两天之内从1增加到千万级别，或在五天内增加10亿级别的数量，而与之相反的是消毒剂的药力是呈衰减趋势的，两者一比，最终消毒对发酵菌种的影响是根本可以忽略不计的；
在我们的实践中，往往遇到先对垫料彻底消毒，然后补充菌种的效果反而最好，即垫料进场后，先适当消毒，然后再添加菌种和能量，再按正常操作程序来制作发酵床，因为这是一种先清场（先消毒消灭所有的菌），然后补充有益菌进场的案例，新的补充的强微发酵床复合菌，在没有杂菌干扰的情况下，往往生长繁殖更好，发酵床启动更快。
2、消毒剂的选择
发酵床养殖中可以正常进行消毒，但尽量选择偏酸性消毒剂如复合醛、新洁尔灭、来苏尔、氯甲酚溶液(菌球杀)、次氯酸、碘消毒剂、石碳酸、复合酚、氯甲酚溶液、癸甲溴铵溶液(百毒杀)、辛氨乙甘酸溶液(菌毒清)、过氧乙酸(过醋酸)、过氧化氢溶液(双氧水)、福尔马林(甲醛溶液)、 戊二醛、高锰酸钾溶液等；消毒时会对垫料表面的复合菌群有抑杀作用，但消毒剂药效一过，中下层的菌群就会马上平衡过来，也可以在消毒后2天补充部分菌群在发酵床垫料表面即可。
3、接触式的发酵床养殖，需要定期驱虫
当然，如前所述，我们现在不建议使用接触式发酵床；
接触式的发酵床，要求用户坚持四加一驱虫模式，即种猪群一年驱虫四次，保育期结束后驱虫一次，同时，驱虫时最好集体驱虫处理，只要坚持四加一驱虫模式，驱虫后不必对发酵床垫料作任何处理；每批种禽年驱虫2次，肉禽每批驱虫一次。
4、消毒过后发酵床的恢复启动操作技术
消毒过后，垫料中基本上没有活菌也没有病菌和杂菌，如果加上氨味很重，则要使用柠檬酸+葡萄糖+强微发酵床复合菌+补充新鲜垫料的方法，补充新鲜的垫料用于吸干多余的水份，减少湿度，增加通透性，以增强好氧发酵力度，添加柠檬酸是为了中和碱性（氨味重说明碱性也重），添加葡萄糖是补充碳源，以利于短时间迅速恢复启动发酵，然后当然也要补充强微发酵床复合菌了；
一般的补充模式是：补充能量如葡萄糖50-100克/平方米+补充强微发酵床复合菌10克/平方米+如果氨味重可以添加柠檬酸2-3克/平方米（配制成10%溶液喷洒）+补充垫料适量（补充新鲜的干垫料，视太湿的情况而定补充量。
具体也可以参考死床的恢复操作技术，资料看这里:http://www.qw99cn.com/show.asp?newsid=6489
发酵床养猪的老资料链接：http://www.qw99cn.com/qw99.asp?borderid=69&cateid=76
发酵床养鸡的老资料链接：http://www.qw99cn.com/qw99.asp?borderid=69&cateid=77
发酵床养鸭的老资料链接：http://www.qw99cn.com/qw99.asp?borderid=69&cateid=78
发酵床疑难问题解答链接：http://www.qw99cn.com/qw99.asp?borderid=69&cateid=79
