易分解的有机物大部分分解，不造成烧根；施入上壤后不产生氮的生物固定（与植物争夺氮源）；通过降解除去酚类等有害物质，消灭病原菌、害虫卵和杂草种子。日前在世界农业提倡有机农业的前提下，通过堆肥化处理农作物秸秆是应该大力倡导并推广的有效方法。如果秸秆通过堆肥能全部还田，而且在短时间内大部分腐解，又不影响作物的生根和成活，同时又能提高产量，则对我国可持续农业的发展有重大意义。
如果不对秸秆进行腐熟处理，会怎么样呢？
① 如果不对秸秆或粪料进行发酵处理，直接施用于土壤，则作物的病虫害会比较多，因为很多的虫卵和病毒、病菌都存在于秸秆和粪料中；
② 另外，还有杂草种子在发酵过程中也被消灭，以利于控制杂草。
③ 由于未处理的粪料和秸秆中存在大量热源物质（如碳水化合物能量），如果不处理，直接施用于农田或土壤，则会在土壤中发热，造成烧根，农作物死亡等；
④ 另外，秸秆的碳氮比太高，直接施到土壤中后，会在土壤微生物的作用下，争夺土壤中的氮元素来繁殖微生物菌体，造成与植物争氮的不好现象。
⑤ 秸秆中虽然存在大量的氮、磷、钾、硫、镁………等肥料元素，但它们在秸秆中多以结合状态存在，如存在于木质素和半纤维素结构中，不能被植物吸收，又如以植酸磷形式存在，造成磷不能被植物吸收等，发酵就是要把它们释放出来，便于植物的吸收利用。
⑥ 直接把秸秆还田，只能腐熟一小部分，速度太慢，所以如果不能加速秸秆的腐熟进程，则大量的秸秆无法进行合理处理，如果焚烧处理，则会造成空气污染，不利于环境。所以，从这一点来说，应该说市场上的腐熟剂其实就是秸秆腐熟加速剂，这种叫法更为贴切，以方便数量巨大的秸秆能尽快处理。
7、秸秆腐熟可有效提高种子发芽率
